Thema VM und Grafik: Das ist immer ein Problem. Deswegen eignet sich u. a. der XP-Modus von Win7 nicht für solche Experimente. Die Möglichkeiten der Grafikeinstellungen sind dort zusätzlich beschränkt.
Die umfangreichsten Einstellungen hinsichtlich der Grafikkarte ermöglicht Virtual Box. Das kann bis zu einem gewissen Grad sogar 3D emulieren. Für Win98 braucht man dann allerdings geeignete Treiber, was schwierig werden kann.
Bei MS Virtual PC hat man u. U. den Vorteil, daß es die passenden Treiber für das OS mitliefert, wenn man bei der Erzeugung der VM das OS angibt.
Jedenfalls ist die Treiberproblematik (man denke auch an die Netzwerkkarte und die Soundkarte) einer der Gründe, warum XP als VM einfacher zu händeln ist.
Stichwort Fenstermodus: Der ist für den Fall gedacht, daß man einen Widescreen-Monitor hat und eine Grafikkarte, die keine automatische Skalierung in den 4:3-Modus beherrscht. Dann würde man Anno 1602 nur stark verzerrt zu Gesicht bekommen, was eben nicht so toll ist. Ansonsten benötigt man keinen Fenstermodus.