Seltsam...
Bei mir sind die Minen bisher immer verschwunden wenn die Quest erledigt war. Ganzer Ozean voll Minen und sie respawnen klingt nach Krieg mit Hugo Mercier. Der hat Minen um jede seiner Inseln. Sonst gibt es meines Wissens keine NPC die noch Minen benutzen, außer bei manchen Tauchaufgaben vom Alten Nate. Aber da sind die eben nur um die Tauchstelle herum.
Andere NPC können auch keine Minen mit Luftschiffen legen. Die einleuchtende Erklärung dafür ist, dass sie immer eine exakte Koordinate eines Objekts brauchen, um etwas abzuwerfen, also z.B. ein Gebäude deiner Stadt für Flugblätter oder ein Geschütz im Hafen für Bomben, falls denn irgendein KI-Gegner auch mal Bomben schmeißen sollte, was ich noch nie gesehen habe. Einfach ins offene Wasser Minen fallen zu lassen geht nicht ohne Koordinaten bzw. ein Zielobjekt.
Also beim Spiel ohne Mods fällt mir nur der Mercier als plausibler Grund für Minen ein. Ansonsten stimmt da irgendwas nicht.
Du kannst Minen auch selbst räumen, wie das geht, habe ich hier beschrieben:
Mein endloses Endlosspiel - Die Minenräumer