Die Abstürze haben meines Wissens nichts mit der Installation selber zu tun - es ist daher unerheblich, ob Du den Installer benutzt oder nicht.
Ich gehe davon aus, daß Du die Basisversion von Anno hast, oder? Und die Treiber von Sound- und Grafikkarte sind aktuell? Du bist als Administrator angemeldet, und Du hast nicht den Kompatibilitätsmodus für Win98 eingeschaltet?
Was passiert, wenn Du Sound und Grafik im Spiel ausschaltest? Wenn das Spiel stabil läuft, liegt es an den Videos oder eben am Sound. Falls Du das mit dem Runterregeln der Hardwarebeschleunigung nicht in den Griff bekommst, mußt Du evtl. auf eines (oder gar auf beide) Features verzichten - obwohl das Spiel dann viel von seinem Reiz verliert.
Schau auch noch einmal genau auf die Uhr: Stürzt das Spiel evtl. nicht nach drei, sondern erst nach 10 min. ab? - Dann könnte der Savegame-Ordner schreibgeschützt sein (Anno speichert alle 10 min.); überprüfe das mal.
Die Abstürze können auch mit der Auflösung zu tun haben; es sollte die höchstmögliche Auflösung in den Optionen gewählt werden.
Eine weitere Möglichkeit ist, das Spiel unter C:\Programme zu installieren. Das hört sich jetzt vielleicht blöd an, aber es gibt tatsächlich Fälle, wo Anno nur lief, wenn es genau dort installiert wurde.
Noch eine Möglichkeit ist, mit dem Konfigurationsprogramm rumzuspielen (Hardware-Mauszeiger ein/aus u.ä.)...