Die Piraten kannst du im Einstellungsmenü vor Spielbeginn ein/aussschalten, also da, wo du deine Spielfarbe auswählst. Außer du spielst "Bürger", da kann man vor Spielbeginn nichts einstellen.
Ich hab's nicht mehr ganz genau im Kopf, aber ich denke, das Startschiff ist mit Kanonen bestückt. Wenn du weitere Schiffe baust, kannst du in der Werft einstellen, ob und mit wieviel Kanonen das Schiff bestückt werden soll.
Schiffe, die zu den Computergegnern fahren, sollten auf jeden Fall unbewaffnet sein, sonst gibt's Ärger. Ansonsten sind die KI-Spieler ziemlich passiv und friedlich, da dürfte eigentlich nichts passieren.